Кли­мат Сред­ней Си­би­ри резко кон­ти­нен­таль­ный. Сред­не­го­до­вая тем­пе­ра­ту­ра воз­ду­ха от­ри­ца­тель­ная, ко­леб­лет­ся от −⁠10 °C на се­ве­ре до –⁠4 °C на юге. Обыч­но мо­роз­ная и сухая зима длит­ся 5–⁠7 ме­ся­цев. Сред­няя тем­пе­ра­ту­ра воз­ду­ха в ян­ва­ре до­хо­дит от –⁠26 ... –⁠30 °C на се­ве­ро-за­па­де, до –⁠40 ... –⁠43 °C на се­ве­ро-во­сто­ке. Мощ­ность снеж­но­го по­кро­ва 40–⁠45 см. Сред­няя тем­пе­ра­ту­ра воз­ду­ха в июле из­ме­ня­ет­ся от +2 °C на се­ве­ре по­лу­ост­ро­ва Тай­мыр до +19 °C в южной части тер­ри­то­рии. Наи­боль­шее го­до­вое ко­ли­че­ство осад­ков вы­па­да­ет на плато Пу­то­ра­на и Сы­вер­ма  — до 1000 мм, на за­пад­ном скло­не Ени­сей­ско­го кряжа  — 500–⁠600 мм и более.